El 29 de noviembre de 1968 fue creada la Universidad Nacional de Rosario (UNR) a través de la Ley 17.987 que determinó la autonomía de las facultades asentadas en la ciudad que desde 1919 y hasta ese entonces dependían de la Universidad Nacional del Litoral (UNL). 

Los primeros antecedentes se remontan a 1910 cuando se creó una comisión con el propósito de construir un hospital escuela, fomentar la ciencia y la educación. En esos años, con la donación por parte de la Municipalidad de los terrenos ubicados entre Vera Mujica, Santa Fe, Urquiza y Francia y aportes privados se comenzaron a construir los edificios que empezaron a funcionar en 1920. 

En esa época, además de la Facultad de Ciencias Médicas, Farmacias y ramos menores, en Rosario se establecieron la Facultad de Ciencias Matemáticas, Físico-Químicas, y Naturales aplicadas a la Industria; y la Facultad de Ciencias Económicas y Políticas. 

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Fueron varias las ocasiones en las que se presentaron proyectos para formalizar la Universidad en Rosario, pero no prosperaron. Ya en 1968, con motivo de gestiones para la creación de la Escuela de Derecho, finalmente se avanzó en la agrupación de las unidades académicas y administrativas que dieron origen a la UNR. 

La presentación oficial de la décima Universidad Pública del país se realizó con un acto en el Teatro El Círculo. En el país gobernaba la dictadura militar comandada por Juan Carlos Onganía que dispuso como primer rector a José Luis Cantini. Esos primeros años convulsionados se dedicaron a organizar la estructura académica y administrativa que hasta ese entonces estaba supeditada a la UNL, para convertirse definitivamente en la UNR.  

Desde el golpe de Estado de 1976 hasta el retorno de la democracia los representantes de los estudiantes tuvieron limitada su participación en el gobierno universitario. La UNR, como el resto de las casas de estudio del país, sufrió persecuciones, represiones, controles policiales dentro de los espacios que impulsaban la oposición al régimen y detención de numerosos integrantes de la comunidad universitaria que se contaron entre las víctimas. 

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Con la recuperación de la democracia en 1983, la universidad recobró su autonomía, sus libertades, la plenitud de la vida estudiantil, la legalidad de sus estatutos.  Al asumir el presidente Raúl Alfonsín determinó se inicie la normalización de las universidades que se encaminaron a la reconstrucción institucional siguiendo los carriles de la tradición reformista. 

La UNR adoptó primero el estatuto de la UNL mientras se desandaba la normalización que concluyó con el llamado a elecciones a fin de 1986 cuando se consagró a Juan Carlos Millet como el primer rector electo en democracia. Entre tantos otros cambios, en 1988 se instauró la carrera docente, que establece el sistema de ingreso, promoción y evaluación docentes, y la asunción en los cargos por concurso. 

Por primera vez desde su creación la UNR contó con sus órganos de gobierno en pleno funcionamiento y comenzó un período de transformaciones y acciones continuas, que no se han interrumpido hasta la actualidad.